《荔枝光俱乐部》的舞台设定在架空的“萤光町”，在萤光町的一隅，由少年田宫（野村周平饰）创建了秘密基地“光之俱乐部”。在那里集结着以Zera（古川雄辉饰）为首的9名少年，他们因为某种崇高目的制作着机器。最终机器完成制作并取名为荔枝（杉田智和配音)，少年们命令荔枝将“美丽之物”带回来，但是荔枝并不能很好的理解何为“美丽之物”，总是将错误的东西带回来。有一天，少年们为荔枝设定了一个特殊的指令，荔枝终于理解了“美丽之物”的意思。它将一位美丽的少女Kanon（中条彩未饰）和几位少女一起带到了光之俱乐部。光之俱乐部将Kanon安置于王座之上作为女神崇拜着，正在打算完成下一个目标。可是Zera认为光之俱乐部有成员将要背叛他，因此Zera对嫌疑犯进行了肃清和处刑。而Zera也渐渐陷入了与他关系极其亲密的同伴之一Jyaibo（间宫祥太朗饰）所设的圈套之中，变得开始疑神疑鬼，光之俱乐部少年们的团结开始一步步瓦解崩坏。
